Riset Sains
Mengembangkan kemampuan peserta didik dalam melakukan penelitian dasar, meliputi penelitian hayati, teknik, serta kebumian dan kelautan. Eksistensi penelitian peserta didik MAN 2 Kudus sudah diakui dalam kompetisi bergengsi tingkat nasional dan beberapa kali mendapat penghargaan oleh LIPI.