Perpustakaan MAN 2 Kudus bernama Perpustakaan Harun Al Rasyid yang terletak di lantai 1 area barat. Perpustakaan madrasah sebagai salah satu sarana pendidikan penunjang kegiatan belajar siswa memegang peranan yang sangat penting dalam memacu tercapainya tujuan pendidikan di madrasah. Perpustakaan Harun Al Rasyid menyediakan berbagai macam literasi dan referensi untuk menunjukkan pembelajaran dan riset. Perpustakaan Harun Al Rasyid memiliki 2 lantai.
Ruang Perpustakaan Lantai 1
Pelayanan Peminjaman dan Pengembalian Buku
Selain peminjaman dan pengembalian buku, perpustakaan Harun Al Rasyid juga digunakan sebagai tempat pembelajaran classical oleh beberapa guru.
Mandaku Research Corner
Outdoor Cafe Library
Ruang Multimedia dan Referensi Lantai 2
Ruang Laboratorium Lantai 2