Laboratorium Komputer merupakan fasilitas yang disediakan oleh madrasah yang berfungsi untuk menunjang terlaksananya proses belajar mengajar dan kegiatan madrasah. Laboratorium Komputer MAN 2 Kudus digunakan sebagai tempat belajar mengajar, Computer Assisted Test (CAT), lomba online, dan masih banyak lagi.
Laboratorium Komputer sebagai tempat CAT Profesionalisme dan Moderasi Beragama