MAN 2 Kudus secara nasional telah diakui sebagai salah satu madrasah terkemuka yang terus tumbuh dan berkembang menjadi pusat pendidikan agama, sosial, sains dan bahasa yang modern. Tujuan MAN 2 Kudus adalah (1) meningkatkan kadar keimanan dan ketaqwaan peserta didik; (2) membentuk peserta didik yang cerdas secara akademik maupun nonakademik; (3) mengantarkan peserta didik menuju ke perguruan tinggi negeri dan swasta favorit; (4) memberikan bekal teori dan praktik yang cukup kepada peserta didik agar cerdas secara intelektual, emosional dan spiritual; (5) melatih peserta didik agar dapat mengamalkan ajaran agama sehingga mempunyai sikap yang bijaksana dalam kehidupan sehari-hari; (6) memberikan bekal kecakapan hidup melalui program keterampilan yang mengacu pada perkembangan teknologi, olah raga, seni, kepramukaan, dan karya ilmiah sesuai dengan minat dan bakat peserta didik. Hal ini dapat dicapai melalui program-program strategis dan komprehensif yang melibatkan seluruh civitas akademika MAN 2 Kudus. Dewasa ini, sekitar 8000 alumni MAN 2 Kudus tersebar merata di seluruh pelosok Indonesia dengan beragam profesi. Komitmen tak tergoyahkan MAN 2 Kudus untuk mempertahankan pelaksanaan sistem pendidikan terbaik dengan standar pengelolaan yang khas. MAN 2 Kudus terletak pada posisi yang strategis di jalan Kudus-Jepara dengan luas total 17.516 m2. Jika dilihat dari peruntukkannya, seluas 40 persen area tersebut diperuntukkan bagi kegiatan-kegiatan akademik dan nonakademik. Sedangkan 60 persen sisanya diperuntukkan sebagai lahan hijau terbuka. Dalam rangka memperkuat dan memperluas jaringan, beberapa lembaga pendidikan terkemuka telah bekerja sama dengan MAN 2 Kudus dalam lingkup akademik yang luas. Lembaga-lembaga yang dapat disebutkan antara lain : Asosiasi Bimbingan Konseling Indonesia (ABKIN), British Council, dan Universitas Diponegoro. Selain itu, MAN 2 Kudus juga senantiasa melakukan kajian Bahasa Inggris dan Scholarship Program terbuka dengan mahasiswa Nanyang Technological University Singapore dan Universitas Putra Malaysia.